Im Laufe der Zeit waren die Benediktinerklöster zunehmend vom Armutsideal der Benediktusregel abgewichen. Die einzelnen Mönche hatten zwar nach wie vor keinen persönlichen Besitz, aber die Klostergemeinschaften hatten oft, u.a. durch Schenkungen oder Erbschaften, riesige Vermögen in Form von Ländereien, aber auch in Geld, angesammelt. Dies äußerte sich manchmal in der luxuriösen Lebensweise der Konvente, besonders deutlich konnte man es jedoch an den Bauten ablesen, die immer kunstvoller und prächtiger ausgeführt und ausgestattet wurden.
So wurde der Ruf nach einer Reform lauter, um die Konvente wieder einer Lebensführung zu nähern, welche sich eng an die in der Benediktusregel vorgeschriebene Einfachheit des Lebens anlehnen und die auf Prachtentfaltung in Bauten und Liturgie verzichten sollte.
Abt Robert von Molesmes beschloß deshalb 1098, mit 21 Brüdern in der Einöde von C�teaux ein neues Kloster zu gründen. In Molesmes, welches sich an Cluny orientierte, war es dem einzelnen nicht mehr möglich gewesen, sich streng an die Regel zu halten.
Obwohl Papst Urban II. Robert zwang, nach etwa einem Jahr seine Pflichten in Molesmes wieder aufzunehmen, blieb C�teaux unter dem Prior bestehen. Durch ein päpstliches Privileg, welches das neue Kloster gegen Einmischungen absicherte, begann die Entwicklung zu einem Reformorden der Benediktiner, der nach diesem ersten Kloster Cîteaux Zisterzienser genannt wurde (Sacer Ordo Cisterciensis, SOC, heute OCist). Der Orden wurde 1098 päpstlich privilegiert.
Insbesondere im ersten Jahrhundert seines Bestehens sollte der Orden entscheidenden Anteil an politischen, wirtschaftlichen, wissenschaftlichen und kulturellen Entwicklungen im europäischen Raum haben. In dieser Phase gab es auch eine besonders rege Gründungstätigkeit. Diese Filiationen verliefen, indem zunächst Cîteaux, als Mutterkloster, Mönche zur Gründung neuer Klöster nach dem zisterziensischen Ideal aussandte. Diese Tochterklöster, La Fert é, Pontigny, Clairvaux und Morimond, hatten als Primarabteien eine besondere Stellung innerhalb des Ordens. Sie folgten dem Beispiel des Mutterklosters später und gründeten Filiationen. Die nun folgende schnelle Ausbreitung des Ordens wird nicht zuletzt auf Bernhard von Clairvaux zurückgeführt, durch dessen Predigten Männer aller Schichten für das Ideal von Chorgebet, Askese und Arbeit begeistert wurden und um Aufnahme ersuchten. Arbeitswillige Bauern konnten als Konversen Anschluß finden. Die erste von später 100 deutschen Niederlassungen der Zisterzienser war 1123 Altenkamp.
Im 12. Jahrhundert variierte die Größe der Klöster zwischen der Mindestzahl von 12 Brüdern und bis zu 800 Mönchen und Laienbrüdern (z.B. Grandselve). Der Beitritt ganzer Klöster zum Orden führte allerdings dazu, daß die Strenge der Regelauffassung verwischt wurde, da diese z.B. ihre Einkünfte beibehielten, statt von Handarbeit zu leben. So versuchte schon 1169 Papst Alexander III. mit geringem Erfolg, den Orden zum Armutsideal zurückzuführen.
Die Päpste nutzten immer wieder Zisterzienser für kirchenpolitische Zwecke. Eine der Aufgaben der Zisterziensermönche war die Predigt in Katharergebieten Südfrankreichs, wenn auch später die Ketzermission überwiegend den Dominikanern oblag, deren Gründer sich 1205 symbolisch den Zisterziensern angeschlossen hatten.
Eine kriegerische Orientierung findet sich bei den zisterziensischen Ritterorden der Reconquista (dem Kampf der christlichen Bevölkerung Spaniens zwischen 8. und 14. Jahrhundert gegen die Araber). Auch in der Heidenmission im Baltikum spielte der Orden eine nicht unbedeutende Rolle, nicht zuletzt durch den Orden der Schwertbrüder (1237 mit dem Deutschen Orden vereinigt), der vom Zisterziensermönch Theoderich von Treyden (Theoderich von Kloster Pforta) gegründet worden war.
Die Mönche brachten durch ihre Klostergründungen ihre westlichen Rechts- und Wirtschaftsformen in die missionierten slawischen Gebiete mit.
In Sachsen bestanden Klöster des Ordens in Altzella, Buch, Doberlug, Dörschnitz, Frankenhausen/Grünberg (bei Schmölln), Grimma (Nimbschen/Marienthron), Grünhain, Leipzig, Marienthal, Marienstern, Meißen, Remse, Roßwein, Seußlitz, Sitzenroda und Sornzig.

Einführende Literatur:
Kulturgeschichte der christlichen Orden in Einzeldarstellungen, hrsg. v. Peter Dinzelbacher u. James Lester Hogg, Stuttgart 1997.