Der Mikrocontroller des TUCBots ist mit einem speziellem Bootloader ausgestattet. Mit dessen Hilfe hat man die Möglichkeit, den Roboter beim Start in einen Programmiermodus zu versetzen. Andernfalls wird automatisch das vom Benutzer geschriebene Programm gestartet. Als Datenschnittstelle sind USB, RS232 oder Xbee-Modul wählbar, wobei USB zu bevorzugen ist. Der TUCBot wird mit folgender Schrittfolge in den Programmiermodus versetzt: